Megin viðfangsefni verkstjóra í fiskvinnslu er að skipuleggja vinnslu, ákveða hvaða vinnsluaðferðum er beitt og sjá til þess að rétt vara sé framleidd samkvæmt vinnslureglum. Verkstjóri ber ábyrgð á að öll tæki og tól virki, verkferlum sé fylgt og  öryggis- og gæðakröfur haldi.

Verkstjóri vinnur meðal annars í nánu samstarfi við vélstjóra og gæðastjóra, deilir verkefnum út til flokksstjóra en heyrir sjálfur undir vinnslustjóra. Vinnuumhverfið er gjarnan fjölmenningarlegt, vinnutími getur verið breytilegur og vinnuaðstæður  misjafnar.