Skipstjórar stjórna og bera ábyrgð á skipum; velferð og aðbúnaði skipverja, farmi, afla og farþegum. Viðfangsefni skipstjóra eru breytileg eftir réttindastigi þeirra og stærð og hlutverki skipa. Starfsréttindi skipstjóra eru lögvernduð.
Réttindastig skipstjóra eru 5:
A – réttindi ná til skipa allt að 24 metrum
B – réttindi ná til skipa allt að 45 metrum í innanlandssiglingum auk flutninga- og farþegaskipa að 500 brúttótonnum
C – réttindi ná yfir ótakmarkaða stærð fiskiskipa auk flutninga- og farþegaskipa að 3000 brúttótonnum
D – réttindi ná til allra skipa nema varðskipa
Skipstjórar starfa á fiskiskipum, flutningaskipum og varðskipum (E – réttindi) en hlutverk þess síðastnefnda er að annast almenna löggæslu, leitar- og björgunarstörf á hafi úti, auk þess að veita afskekktum byggðum, stofnunum í landi og öðrum skipum ýmsa aðstoð og þjónustu.